La loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 a prévu plusieurs mesures visant à encadrer la durée de prescription des arrêts de travail ainsi que leur indemnisation.
La publication de cinq décrets en juin et septembre 2026 précise progressivement les modalités d’application de ces nouvelles dispositions : les décrets n° 2026-498, n° 2026-499 et n° 2026-501 du 12 juin 2026, complétés par les décrets n° 2026-866 et n° 2026-867 du 16 septembre 2026.
- Depuis le 1er septembre 2026 : encadrement de la durée des arrêts de travail d’origine non professionnelle
Une durée maximale de 31 jours pour le premier arrêt
Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 – Articles L. 162-4-1, L. 162-4-4 et R. 162-1-7-1 du Code de la sécurité sociale
Depuis le 1er septembre 2026, la durée des arrêts de travail d’origine non professionnelle pouvant être prescrite par un professionnel de santé est encadrée.
Le professionnel de santé ne peut désormais prescrire un premier arrêt de travail d’une durée supérieure à 31 jours. Cette durée doit être mentionnée sur l’arrêt de travail.
Une durée maximale de 62 jours pour chaque prolongation
Chaque prolongation d’un arrêt de travail est également soumise à une durée maximale : elle ne peut excéder 62 jours.
Des dérogations restent possibles
Le prescripteur peut toutefois déroger à ces plafonds lorsqu’il justifie sur la prescription :
- de la nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du patient ;
- et, lorsqu’elles existent, des recommandations établies par la Haute Autorité de santé.
En cas de renouvellement d’arrêts supérieurs à trois mois
Décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 – Articles L. 162-4-4 et D. 323-3-1 du Code de la sécurité sociale
En cas de renouvellement d’arrêts supérieurs à trois mois, le médecin peut par ailleurs solliciter l’avis du service de contrôle médical. Il s’agit d’une faculté.
- À compter du 1er janvier 2027 : encadrement de la durée d’indemnisation des arrêts d’origine professionnelle
Décret n° 2026-501 du 12 juin 2026 – Articles L. 433-1, alinéa 2, et D. 433-9 du Code de la sécurité sociale
À compter du 1er janvier 2027, le versement des indemnités journalières en cas d’arrêt de travail d’origine professionnelle, au titre d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle (AT/MP), sera limité à quatre ans à compter du premier jour d’arrêt.
- De nouvelles mesures en matière d’indemnisation et de contrôle des arrêts maladie
Deux décrets du 16 septembre 2026, publiés au Journal officiel du 18 septembre 2026, renforcent l’encadrement des arrêts maladie : les décrets n° 2026-866 et n° 2026-867.
Renforcement du contrôle des arrêts de travail injustifiés
Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 – Article R. 147-6 du Code de la sécurité sociale
Le décret prévoit la possibilité de sanctionner l’assuré qui abuse de sa qualité d’assuré social afin d’obtenir de manière injustifiée la prescription d’un arrêt de travail sans lien avec son état de santé.
Cette disposition entre en vigueur le 19 septembre 2026.
À compter du 15 octobre 2026 : plafonnement à un an de l’indemnisation des arrêts en cas d’ALD non exonérante
Décrets n° 2026-866 et n° 2026-867 du 16 septembre 2026
Jusqu’à présent, les assurés atteints d’une ALD non exonérante pouvaient, sous certaines conditions, bénéficier d’indemnités journalières pendant une durée maximale de trois ans.
À compter du 15 octobre 2026, la durée maximale dérogatoire d’indemnisation des arrêts de travail en cas d’ALD non exonérante est ramenée de trois ans à un an.
La durée maximale d’indemnisation demeure en revanche fixée à trois ans pour les assurés atteints d’une ALD exonérante visée aux 3° et 4° de l’article L. 160-14 du Code de la sécurité sociale.
Ces nouvelles dispositions s’appliquent aux arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026 ainsi qu’aux arrêts de travail en cours au 15 octobre 2026 pour une incapacité de travail atteignant six mois à compter de cette date.
Les assurés qui, au 15 octobre 2026, se sont déjà vu reconnaître le bénéfice de la procédure prévue à l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale et relèvent d’une ALD non exonérante restent toutefois soumis aux règles antérieures jusqu’au terme de la durée maximale d’indemnisation de trois ans.
- Plusieurs réformes de l’indemnisation au titre des AT/MP sont également envisagées
Dans l’objectif de réaliser 800 millions d’euros d’économies en 2027 au sein de la branche AT/MP, plusieurs autres évolutions sont envisagées.
Un plafonnement à 1,8 SMIC du salaire de référence pour le calcul des indemnités journalières
Le salaire journalier de référence servant de base au calcul des indemnités journalières AT/MP est aujourd’hui plafonné à 0,834 % du plafond annuel de la sécurité sociale (PASS), soit 400,82 euros.
Les indemnités sont ensuite calculées sur la base de 60 % de ce montant pendant les 28 premiers jours, puis de 80 % à compter du 29e jour.
Un projet de décret prévoit de remplacer cette référence par un plafond fixé à 1,8 SMIC, à compter du 1er novembre 2026. Le salaire journalier de référence maximal passerait ainsi de 400,82 euros à environ 110 euros.
Le décret devra préciser l’articulation de ce nouveau plafond avec les taux de 60 % et 80 % applicables selon la durée de l’arrêt.
Cette mesure transférerait sur les entreprises une part plus importante de la prise en charge du revenu de remplacement et rapprocherait le régime AT/MP du régime de droit commun, qui prévoit déjà un plafond similaire fixé à 1,4 SMIC.
Vers une fiscalisation complète des indemnités journalières
Les indemnités journalières AT/MP sont actuellement exonérées à hauteur de 50 % de l’impôt sur le revenu.
Le Gouvernement projette de les fiscaliser intégralement, après déduction de la CSG déductible.
Vers une généralisation de la tarification AT/MP au niveau de l’entreprise
Enfin, il est envisagé de généraliser la tarification des risques professionnels au niveau de l’entreprise, et non plus au niveau de chacun de ses établissements.
Ces différentes mesures devront être confirmées, selon les cas, par voie réglementaire ou législative.